荷蘭人於1662年2月被鄭氏父子（鄭芝龍、鄭成功）趕離台灣，正式進入漢人政權。1664年在烏日的學田里、三和里、榮泉里發生大肚社蕃亂，鄭經派遣將領黃安帶領武裝漢人軍團平定，爾後鄭氏軍隊便在烏溪之北的王田區域從事軍事屯墾，並紮營貓霧捒社。1683年鄭克塽降清，進入清領時期。
約康熙末年陸續有漢人沿烏溪入墾，直至乾隆時代，烏日地區在當時墾荒的熱潮下展開大規模開墾行動，而嘉慶年間，各處已佈滿漢人的大小村落。
稻米為漢人主要的糧食作物，為提升收成量，開築水圳從旱稻轉作水稻，後因王田圳的開築，道光時期，烏日的稻米產量甚至可銷售至中國大陸。當時湖日港為中部地區主要的貿易交通樞紐(現今為湖日公園位置)。

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