同治七年（1868）十月，左宗棠接任陝甘總督後，負責平定西北回民之亂，但他的更重要目標，是收復新疆失地。

清朝初年，天山南北的古代西域，被蒙古準噶爾部所控制，清朝康熙、雍正、乾隆三朝，與準噶爾展開長達七十年的角力和戰爭，最終在於乾隆二十年（1755）春，清朝趁準噶爾貴族爭權內亂，發兵出征準噶爾。準噶爾首領歸降，但不久復叛，乾隆二十一年（1756）三月，清朝再次出兵，攻佔伊犁。至乾隆二十四年，肅清準噶爾殘餘勢力，隨後，清朝降服原本受準噶爾控制的天山以南維吾爾人諸城邦，各國成為清朝藩屬，於是清朝在西