PHT memiliki beberapa  prinsip yang khas, yaitu: (a) sasaran PHT  bukan eradikasi atau pemusnahan hama  tetapi pembatasan atau pengendalian  populasi hama sehingga tidak merugikan,  (b) PHT merupakan pendekatan holistik  maka penerapannya harus mengikutsertakan  berbagai disiplin ilmu dan sektor  pembangunan sehingga diperoleh  rekomendasi yang optimal, (c) PHT selalu  mempertimbangkan dinamika ekosistem dan  variasi keadaan sosial masyarakat maka  rekomendasi PHT untuk pengendalian hama  tertentu juga akan sangat bervariasi dan  lentur, (d) PHT lebih mendahulukan proses  pengendalian yang berjalan secara alami  (non-pestisida), yaitu teknik bercocok tanam  dan pemanfaatan musuh alami seperti  parasit, predator, dan patogen hama.  Penggunaan pestisida harus dilakukan  secara bijaksana dan hanya dilakukan  apabila pengendalian lainnya masih tidak  mampu menurunkan populasi hama, dan (e)  program pemantauan atau pengamatan  biologis dan lingkugan sangat mutlak dalam  PHT karena melalui pemantauan petani  dapat mengetahui keadaan agro-ekosistem  sawah pada suatu saat dan tempat tertentu,  menganalisis untuk memilih tindakan  pengelolaan tanaman yang benar.